今天小编就为大家带来基础工具Clustalx的使用方法。CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。
Clustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。即先将多个序列两两比较构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树；然后从多条序列中最相似（距离近期）的两条序列开始比对，按照各个序列在引导树上的位置，由近及远的逐步引入其它序列重新构建比对，直到所有序列都被加入形成最终的比对结果为止（Figure 1）。
clustal 算法：
Clustal软件有两个版本，其中clustalw采用命令行的形式在DOS/Linux下运行的， Clustalx是可视化界面的程序，可在window电脑运行，我们今天学习Clustalx的使用。
1 安装clustalx：
下载clustalx软件，按照默认安装到自己的电脑上。
2 准备要比对的序列：
将上节课搜索到的同源核酸fasta文件，全部粘贴到一个文本文件中，所有的蛋白质序列存入另一个文本文件。
基础工具Clustalx的使用方法图二
3 载入序列：
点击开始－程序－clustalX2－clustalX2。
点主菜单File，选择Load Sequence-选择刚保存的序列文件，点打开。
注意：ClustalX程序无法识别汉字、带空位的文件夹名，如my document。
载入序列后在左侧窗口里是fasta格式序列的标识号，取自序列第一行“>”后的字符。
4 比对参数的设置：
比对前先要设置两条序列比对的参数和多条序列比对的参数。
a.两条序列比对的参数
点击Alilgnment菜单，选择Alignment Parameters，再选择Pairwise Alignment Parameters，如Figure 3，首先可以选择比对的效果，是slow/accurate 还是fast/approximate。第一种模式采用的是动态规划算法进行比对的，第二种模式采用的是启发式的算法。除非序列非常长，一般采用第一种模式。可以选择空位罚分系统，DNA或蛋白质替换矩阵，也可以自己上传某个替换矩阵进行比对。
b.多条序列比对参数
点击Alilgnment菜单，选择Alignment Parameters，再选择Multiple Alignment Parameters，如Figure4.
Delay divergent sequence是指当两条序列的差异大于某个值（百分比）时，这两条序列的比对将推迟进行，程序先比对相似序列，对于相似度不够高的序列，晚些时候进行比对，加入到最终的多条序列比对结果时也要迟些。DNA transition Weight等于0的时候，程序将转换当作错配（mismatch）看待，等于1的时候，将转换和匹配同等看待。当参与比对的序列差异较大时，DNA transition Weight应该选择的小些（接近0），如果参与比对的序列差异较小时，DNA transition Weight可选择的大些（接近1）。
基础工具Clustalx的使用方法图三
5 设置输出格式：
点击Alignment菜单，选择Output Format Options，页面如Figure 5。
默认的是输出clustal format，如果需要其它格式，可在复选框里打勾。如PHYLIP格式是利用PHYLIP软件进行建树时，需要输入的格式
6 进行比对：
点击Alignment菜单，选择Do Complete Alignment.此时出现一个对话框，提示比对结果保存的位置，上一步选择了多少种输出格式，这里就需要给出多少个文件的路径。选择好了点OK即可。
