ClustalX

CulsTAL X是CulsSTW多序列比对程序的Windows接口。它提供了用于执行多个序列和轮廓对齐和分析结果的集成环境。序列对齐显示在屏幕上的窗口中。一个多用途的着色方案已经纳入，允许您突出对齐中的保守特征。窗口顶部的下拉菜单允许您选择传统多序列和配置文件对齐所需的所有选项。

您可以剪切和粘贴序列以改变对齐的顺序；您可以选择要对齐的序列的子集；您可以选择要重新对齐的对齐的子范围并将其插入到原始对齐中。

可以进行对准质量分析，并且可以突出显示低评分段或例外残差。

ClustalX可用于多种不同的平台，包括：SUN Solaris、硅图形上的IRIX5.3、DECStations上的数字UNIX、PC上的Microsoft Windows（32位）、x86 PC上的Linux ELF和Macintosh PowerMac。（请参阅安装说明的自述文件）。

序列输入

使用文件菜单输入序列和配置文件（预先存在的对齐项）。无效的选项将被禁用。所有的序列必须包含在1个文件中。自动识别7种格式：NBRF/PIR、EMBL/SWISSPROT、Pearson(Fasta)、Clustal(*.aln)、GCG/MSF(Pileup)、GCG9 RSF和GDE平面文件。除了“-”之外，所有非字母字符（空格、数字、标点符号）都被忽略，而“-”用于指示MSF/RSF中的GAP（“.”）。

序列/轮廓比对

群集X有两种模式，可以使用直接在序列显示上方的开关来选择：多重对齐模式和轮廓对齐模式。

要对一组序列进行多重对齐，请确保选择多个对齐模式。然后显示单个序列数据区域。然后，ALIGNMENT菜单允许您为对齐生成一个引导树，或者按照该引导树执行多次对齐，或者执行一次完整的多次对齐。

在轮廓对齐模式中，显示两个序列数据区域，允许您对齐2个对齐（称为配置文件）。配置文件也被用来添加一个新的序列到旧的对准，或使用二级结构来引导对准过程。使用“--”字符指示旧排列中的间隙。可以以任何允许的格式输入配置文件；只为每个间隙位置使用“-”（或）“MSF/RSF”。在配置文件对齐模式下，将显示“锁定滚动”按钮，该按钮允许您使用单个滚动条将两个配置文件一起滚动。当锁卷关闭时，两个配置文件可以独立滚动。

系统发生树

系统发生树可以从旧对齐（用“-”字符读入以指示间隙）或在多次对齐之后计算，而对齐仍然显示。

对齐显示

对齐方式在屏幕上显示，左侧有序列名称。序列比对仅用于显示，不能在此编辑（除了通过剪切和粘贴序列名来更改序列顺序之外）。

标尺显示在序列的下面，从第一个剩余位置的1开始（忽略序列输入文件中的剩余编号）。

对准上方的线用于标记强保守位置。使用三个字符（‘*’，‘：’和‘.'’）：

“*”表示具有单个、完全保守的残基的位置。

“：”表示下列“强”组中的一个是完全保守的：
STA
NEQK
NHQK
NDEQ
QHRK
米尔夫
我爱熟女
HY
FYW

“”表示下列“弱”组中的一个是完全保守的：
环孢素A
沙滩车
凹陷
斯坦尼克
STPA
SGND
SNDEQK
NDEQHK
尼克尔克
FVLIM
HFY

这些都是在GunNET-PAM250矩阵中发生的积极评分组。强弱组定义为强分＞0.5，弱分＝＜0.5。

对于配置文件对齐，如果在配置文件输入文件中找到任何数据，则二级结构和间隙惩罚掩码显示在序列上方。