杭县
在杭县的一个小渔村里，有个孤儿叫李逍遥。他的父母号称是武林中的神仙侠侣，可惜在他从小时就音信全无。他由婶婶带大，在自家开的客店中当个店小二。来往的英雄们见多了，他也想做个除暴安良的正义游侠。只是生计要紧，一大早就被婶婶叫起来去服侍客人。伺候完三个苗人，来到客店的大门口，一个醉道士会向李逍遥要酒。小李于是从苗人不要的酒中拿了一壶给他。没想到那道士是个武林高手，为了谢杯酒之情，答应在夜半三更传授给李剑法。解决完道士的事后，他又帮婶婶去买鲜虾。一路上到处闲逛，到了菜市却发现没有虾可买。刚出菜市，就得知婶婶生了病。为报多年养育之恩，李逍遥毅然踏上了去仙灵岛求药的征途。
仙灵岛
仙灵岛的迷宫并不复杂，用苗人给的家伙把 6 座阿修罗神像一一击碎，中央小岛上会自动出现通路。到了仙灵岛的一个水池边上，会看见一个少女在洗澡。由此结识赵灵儿。得到了可以救婶婶的紫金丹。刚要离去，却被少女灵儿的姥姥不分青红皂白一顿暴打，最后被逼无奈与赵灵儿结成夫妻。
杭县
第二天，赵灵儿悄悄送李逍遥出宫去救婶婶。婶婶吃了李的紫金丹立即康复，但李却被苗人下了忘优散，失去了在仙灵岛上的一段记忆。夜半，猛然想起白天醉酒道士答应教他武功，于是从赶紧从暗道溜出客栈。白天还和邻居香兰有约，于是去她家吃粥，顺便再帮丁伯伯请来医生看病。再从村西头的篱笆缺口处出去，可以到达山神庙。月上中天，酒道士果然如约前来，教了一招“御剑术”，然后不知去向。
第二天清晨李逍遥才回到客栈，自然又被婶婶一顿臭骂。那几位苗人也神秘地带了一个大口袋回来，占用了小李的房间。看看袋里放的什么？通过密道看一看……天哪，是个人——赵灵儿！一场恶斗，打倒看守的苗人，救出灵儿。可惜李逍遥现在是不认识灵儿的，因为患了失忆症。接着，二个人一起回仙灵岛。灵儿的姥姥在临死之前将灵儿托咐给小李。回到杭县自家的客栈，把苗人头目一顿臭揍，出一出胸口的鸟气。夜里，灵儿会来找李逍遥，却被婶婶给带了出去。但第二天早上，婶婶竟然同意小李和灵儿一块儿去苗疆探她身世的奥秘。二人一起踏上了开往苏州的商船。
苏州城
一下船就看到有人打打杀杀，结识林月如。进城后投宿酒店，顺手救下了一位书生——刘晋生。第二天到处闲逛，赶上了林家比武招亲。小李出手打败了林月如，结果被林老爷子留下来要成亲。半夜时分，灵儿忽然变成半人半蛇的怪物破墙而出，愤然离去。林月如不顾林老的反对，和李逍遥一起走了出去。
堂堂苏州城，外面居然有个蛇窟。打死了其中的男蛇妖和女狐精没有发现灵儿的踪影。沿着山洞后的中路来到白河村，意外地在村中韩医仙家中发现了错迷不醒的灵儿。为了救灵儿，必须找齐 6 种药物，林月如和李逍遥义不容辞，分头行动 ( 月如找人参、雪莲子、何首乌，小李找银杏子、鹿茸、鲤鱼。 ) 银杏子可从医仙屋后的银树上摘取。 抓鱼必须先向村中的渔翁借一副渔具，然后在村的码头上钓取鲤鱼。捉鹿要先找到林中的捕兽器，然后放在鹿的必经处，可得到鹿茸。几种药搞齐后，回到韩医仙家与月如会合。韩医仙会用它们救醒灵儿。
现在，要为白河村解危救难了。出了白河村，先向北去玉佛寺，收伏玉佛珠所化的精灵——小石头。再向东冲入乱葬岗。里面有一座将军墓，是一座多层的地下迷宫，打倒在最下层的赤鬼王后就可以解救白河村了。在这里可取得土灵珠。回到白河村后，发现医仙的女儿韩梦慈被抓到鬼阴山，于是一行人又出发去英雄救美了。在村西北，找到了韩梦慈，不幸被看守的石长老打败。灵儿为了救众人答应跟石长老走。
下一站是扬州城。“十年一觉扬州梦，赢得青楼薄幸名。”扬州的繁华自是不一般。刚投宿客栈，就有梁上君子夜访，于是一路追杀将其打败，可还是丢了一件 “紫金葫芦”。回到追丢女飞贼的地方，碰到了寡妇姬三娘。姬三娘还真是个老来俏，居然气跑了林月如。李逍遥刚在城墙上找到月如，又发现姬三娘将一个包袱投入到井中。井里有许多宝贝，还有他遗失的“紫金葫芦”。正在查看的时候，一伙官差将两人捉走。在公堂上，李逍遥被逼迫在规定的限期内找到女飞贼。小李马上返回姬三娘家，在三娘家发现一条秘道。由下去可抓住姬三娘以证明自己的清白。
出了苏州城，在山道上会发现倒毙的古董商 ( 城中被偷的那个 ) ，从他身上取走包袱。上山后， 杀死占山为王的金蟾鬼母，就可以到达白苗人的客栈。在客栈里，石长老为了和白苗将军盖罗妖争夺灵儿拼了个你死我活，但是灵儿却被路过的剑圣带走了。向前去就是万城之王的京城。在京城的尚书府可找到刘晋元。他正在生病，由新婚的美丽妻子彩依照应，闲来无事，可以在京城四处逛逛。在城的东南角，沿石栏可走到一处院落，能买到许多种暗器。酒店门口有乞丐向你器诉妻子的不良，但去怡红院一了解却发现满不是那么回事。将路上得到的包袱交给商人的妻子可学会葫芦咒。林月如的父亲林天南为寻找女儿也来到刘家，却对李逍遥无可奈何，只有负气离去。这时却发现彩依行为诡异。小李为刘夫人请来道士驱魔，却惹出更大的妖气。他们只好出府找帮手，正撞上不醒常醉酒剑仙。他得知详情后开坛除妖，却又突然醉倒不醒。李逍遥和林月如只得自行探查，最后在府后树林中发现元凶——蜘蛛精，而蝶仙彩依为报救命之恩，以自己千年道行换来刘晋元十年性命。
酒剑仙酒醉原来是元神出窍，正好赶来一剑斩了蜘蛛精，得到雷灵珠。他施展“飞仙术”带众人来到了蜀山。在这里见到剑圣，他却误认灵儿是妖魔，将她关入锁妖塔中。原指望“仙人抚我顶，结发爱长生”，李逍遥却为了这一段人妖之恋，甘冒奇险入塔救人。酒醉仙无奈之下，送了雷灵珠给小李，并传了他几招绝世武功。上得锁妖塔，从上向下一直打到塔底，将守塔的镇狱明王击败；救下灵儿，小李也在此时恢复了失去的那段记忆。在锁灵儿的剑柱不远处可发现一个漩涡，跳下去，将支撑的七根剑柱毁去，就可以出塔了。
在剑柱被毁时锁妖塔也倒塌了。月如为了救小李和灵儿被碎砖压死。李逍遥和灵儿却被懊悔的剑圣救到云南大理城外白苗圣姑隐居处。圣姑发现灵儿已有身孕，要小李去找凤凰蛋和麒麟角为灵儿安胎。在房子的右边采两支香蕉送给神木的猴儿，可以上到树顶，那金翅凤凰很好修理，打败它可以得到风灵珠。好不容易要得蛋就倒手了，却被半路上杀出来的苗女阿奴夺走。为了凤凰蛋，只有同她一起去寻宝。可惜宝虽有不少，却没有他想要的水灵珠。在神木树旁还有一片桃林，使用风灵珠可以进入一探其奥秘。回到圣姑居处后才知道阿奴是白苗头领的女儿，又和她一起去大理城取麒麟角。进入了大理城，到麒麟洞口，骗走守卫可以入洞。洞中的火麒麟倒是个和善的老人，不但给了他的角还有火灵珠。出洞后来到城中的神殿祭拜，却被肿入了巫后 ( 灵儿的母亲 ) 神像中，回到了十年前的过去。十年前，南绍黑苗王在拜月教主的威逼下要杀巫后娘娘。李逍遥通过石长老取回了娘娘的天蛇杖，救娘娘出困。但拜月教主却放出不死的水魔兽追杀，终于巫后娘娘和它同归于尽。
李逍遥万幸脱困，却被金翅凤凰送回故乡余杭县。在余杭县见了少时的灵儿和她姥姥，也见到了当年的水月宫主。水月宫主告诉李逍遥想回到现世中，必须满足自己的心愿才行。在山神庙西面可以见到少时的自己，用一把木剑换得了爸妈交给小李的水灵珠。于是，一阵天旋地转，李逍遥又回到了现实。
回到神殿后，和阿奴一起到圣姑家中，刚好赶上灵儿临产，得神药之助顺利地生下一个女婴。圣姑又让小李去试炼窟为她捉 36 只傀儡虫。在试炼窿不用仔细走遍，捉够虫子回来即可。数日后，灵儿身体恢复，与李逍遥一同出发，这时可以再去试炼洞。在洞的最下层可以找到女祸神的遗迹，学会土、水、风、火、雷五种神术 ( 不去也可 ) 。这时大理城外黑、白两族由于久旱无雨正在为水源而大打出手。三人进入大理城神殿，巫后娘娘会显灵将自己的衣钵传给灵儿，来到神殿后面的神坛，将刚得到的圣灵珠放入石碑中，再将五个神珠放入凸起的祭台中，灵儿就可以施法求雨了。
久旱适甘雨，两族的争头就停了下来。当欢庆之时，拜月教主又派地魔兽来捣乱，于是一行人追杀入地道，一直来到了黑苗族的宫殿。在这里，李逍遥等人与拜月教主展开了一场世纪之战。最后拜月教主不敌众人与水魔兽合体，而灵儿飞上天际与其同归于尽。
攻关密技
1 、在遇见阿奴的师父的地方，看看屋外右边第二棵树，就能得到“鼠儿果”。一直按空格键就可以一直得，但最多只能有 99 个。
2 、在巨树林中有一个桃林终年云遮雾蔽。当拿到风灵珠时，可以用来驱散云雾。往里面一直走可以找到桃源村。村后会遇到木道人，打死他就可获赠“寿桃芦”，这可是个好东西，每回合可补血、真气二十点。
3 、当李逍遥与巫后逃命时，水魔兽会一直追杀。但用“飞龙探云手”可偷到很多毒龙胆，这样就不怕七大毒蛊了。
4 、在尚书府时为了请来道士，云姨会给你三万元，而你可以用了去买东西，如武器……把钱用完或者低于一万五千元时，可以再去找云姨，她会再给你三万元。但是最多只能拿三次共九万元，已经足够了。
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