分区建立后，必须经过格式化才能使用。本软件目前支持NTFS、FAT32、FAT16、FAT12等文件系统的格式化。
首先选择要格式化的分区为“当前分区”，然后点击工具栏按钮“格式化”，或点击菜单“分区 - 格式化当前分区”项，也可以在要格式化的分区上点击鼠标右键并在弹出菜单中选择“格式化当前分区”项。程序会弹出“格式化分区”对话框。如下图：
图1：格式化分区设置
在对话框中选择文件系统类型、簇大小，设置卷标后即可点击“格式化”按钮准备格式化操作。
还可以选择在格式化时扫描坏扇区，要注意的是，扫描坏扇区是一项很耗时的工作。多数硬盘尤其是新硬盘不必扫描。如果在扫描过程中发现坏扇区，格式化程序会对坏扇区做标记，建立文件时将不会使用这些扇区。
对于NTFS文件系统，可以勾选“启用压缩”复选框，以启用NTFS的磁盘压缩特性。
如果是主分区，并且选择了FAT32/FAT16/FAT12文件系统，“建立DOS系统”复选框会成为可用状态。如果勾选它，格式化完成后程序会在这个分区中建立DOS系统。可用于启动电脑。
在开始执行格式化操作前，为防止出错，程序会要求确认。如下图：
图2：是否确认格式化分区
点击“是”按钮立即开始格式化操作。程序显示格式化进度。如下图：
图3：正在进行格式化操作
格式化完成后，如果选择了“建立DOS系统”，程序还会向分区复制DOS系统文件。
